1850 के दशक में, एक तालाब के किनारे भगवान विनयगर की एक मूर्ति की खोज की गई थी। एक चेम्पक पेड़, तमिल में सेनपागा, तालाब के किनारे खड़ा था। जैसा कि चेम्पका पेड़ के बगल में विनयगर मूर्ति पाई गई थी, मंदिर को ''श्री सेनपागा विनयगर मंदिर'' के रूप में जाना जाने लगा।
एक सीलोन तमिल, श्री एथिरनायगम पिल्लई ने पास के भारतीय श्रमिकों की मदद से एक अटाप छत के साथ एक मामूली आश्रय के रूप में पहली संरचना के निर्माण का बीड़ा उठाया। चेम्पक वृक्ष के नीचे यह विनम्र निवास श्री सेनपागा विनयगर का मंदिर बन गया।
वास्तुकला द्वितीय विश्व युद्ध के दौरान, एक बम ने मंदिर को क्षतिग्रस्त कर दिया। 1949 में डॉ. पी. थिलैनाथन की अध्यक्षता में जीर्णोद्धार शुरू हुआ और छह साल बाद 7 जुलाई, 1955 को भक्तों ने एक और अभिषेक समारोह देखा। मंदिर के आवधिक उन्नयन के परिणामस्वरूप नए हॉल, रसोईघर, कक्षाएं, एक परिधि दीवार, एक शादी का डायस और एक पुस्तकालय जोड़ा गया। 8 नवंबर, 1989 को, तत्कालीन वरिष्ठ मंत्री, श्री एस राजारत्नम ने वातानुकूलित शादी और भोजन कक्ष के साथ तीन मंजिला विस्तार की घोषणा की।
मंदिर की छत से कंक्रीट के टुकड़े गिरने लगे और इसकी दीवारों में दरारें दिखाई देने लगीं। इन घटनाओं ने एससीटीए को कार्रवाई करने के लिए प्रेरित किया। 1998 में अपनी वार्षिक आम बैठक में, मंदिर के पुनर्निर्माण के लिए परियोजना अध्यक्ष के रूप में डॉ आर थेवेन्द्रन, पीबीएम को नियुक्त करने के लिए एक प्रस्ताव पारित किया गया था। इस क्षेत्र में अपनी सीमित विशेषज्ञता के बावजूद, उन्होंने चुनौती स्वीकार की और अपने उद्यमशीलता कौशल को सहन किया। उन्हें श्री एसएम वासगर, पूर्व अध्यक्ष और तत्कालीन सलाहकार;